Processvattnet har haft hög salthalt och överskridit gränserna för kväve och fosfor. Salthalten har skadat närliggande skog.
Utsläppen upphörde under hösten 2017 efter att fiskodlingen tagit i bruk ett fungerade reningsverk och installerat en flödesmätare.
Inledningsvis gällde åtalet både företaget Fifax och dess tidigare vd. Sedan markägaren vars mark drabbats av utsläppen och den tidigare vd:n förlikats har den delen av åtalet har lagts ned.
Fifax har erkänt och avstått från sin rätt till huvudförhandling, men yrkade på att samfundsboten inte skulle överstiga 850 euro.
Utöver samfundsboten på 5.000 euro är Fifax också skyldiga att betala brottsofferavgift på 800 euro.
Domen kan överklagas.