Slovakiens Michal Sipl'ak gjorde 1-0 i den 14:e minuten och Estland kvitterade genom Markus Poom i den 83:e. I den 89:e minuten fick Slovakien en frispark som gick via Estlands mittfältare Kaspar Mutso och i mål. Andreas Vaikla gick också av planen med en varning i bagaget, i den 87:e minuten fick han ett gult kort.
Estland har bara en poäng och ligger fyra i sin kvalgrupp efter tre matcher där man förlorat två och spelat en oavgjord. U21-EM spelas i Italien och San Marino 2019.